宏转录组测序送样建议-威尼·至尊国际(中国)
    1. 威尼·至尊国际(中国)

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      送样建议

      宏转录组测序

      声明:
      实验室科服业务不接收人间传染的病原微生物目录.pdf中实验活动需在BSL-2及以上实验等级的样本。名录中实验活动需BSL-1实验等级的样本,在送样前需给予样本无感染性或经灭活的声明无潜在感染风险的声明 (中英文).doc。对于高毒性动植物等样品,必须事先顺利获得销售、客服或运营经理与威尼·至尊国际(中国)技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
      提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障取得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

      1. 送样建议

      • 1.1 组织类样本

        样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
        新鲜动物组织 ≥500mg 将组织放入旋盖冻存管中密封好,迅速置于液氮中速冻,-80℃保存,干冰运输 取相应部位组织,尽量将组织切成1cm2左右的小组织块
        新鲜植物组织 ≥800mg

      • 1.2 粪便类样本

        样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
        粪便 ≥1g,建议3g 将挖取的粪便放入采样管中,密封好,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输 受试者尽量避免有疾病(肠道炎症、癌症等)史,避免有手术等医疗干预
        粪便样本处理方法:
        (1)用采样管中无菌勺挖去粪便中段(基本不接触空气等其他媒介)的部分(3-5g),小鼠粪便至少在3-5粒;

      • 1.3 其他样本

        样本类型 送样量
        total RNA 浓度:≥ 50ng/μL
        体积:20μL ≤ V ≤ 120μL
        总量:≥ 1μg
        菌体/菌丝 ≥ 1*107
        ≥ 0.5
        肠道内容物 0.5-1g
        活性污泥/淤泥/沉积物类 10-15mL(约4-5g沉降物)
        土壤 ≥ 2g(建议富集菌体沉淀)
        肠道内容物类处理方法:
        (1)实验对象死亡后,无菌解剖刀于无菌环境中取出整个肠道,选择切取所需肠段(如回肠、结肠、盲肠等);
        (2)无菌手术刀挖取内容物置于无菌离心管中,液氮速冻至少4h以上,后与-80℃保存,干冰运输。
        注意:一般单个样本500-1000mg/管内容物。为保证实验顺利进行,尽可能多采集保存样品。
        活性污泥/淤泥/沉积物类(需自行提取):
        1)从活性污泥装置中取至少10-15ml的活性污泥样本(约4-5g沉降物);或者取距离水底/地表0-10cm的沉积物约5-10g;
        2)保存在无菌离心管中,液氮速冻并放置于-80℃保存。
        3)RNA提取。液氮速冻,干冰送样。
        土壤(需自行提取):
        (1)土壤样本低温环境(2-8℃)运送至实验室,先2mm筛网过筛,取5-10g保存于无菌离心管中,用RNAlater浸泡,保证全部浸泡在RNAlater中,4℃过夜孵育,随后高速离心去除RNAlater,-80℃保存;
        (2)土壤样本细菌含量比较低,或含有大块砂石,可先加入无核酸酶的生理盐水或1×PBS,匀浆,自然沉降或低速离心(≤100g,1-2min),吸取上层浑浊液体,放入新的1.5ml或2ml离心管,高速离心(≥8000g10min)弃上清,取沉淀后,再用RNAlater处理。
        (3)沙质土壤,建议2-8℃(冰袋)寄送,并标明处理前4℃冰箱存放,由实验室进行处理。
        (4)提取RNA,液氮速冻,-80℃保存,干冰送样。
        注意:样本准备过程中所用的离心管必须是无菌无RNA酶的离心管;送样用到RNAlater,务必注明是RNAlater保存的,尽量不要冻结,4℃过夜后,需高速离心去除RNAlater才可冷冻;RNAlater使用量:500mg土壤加1-1.5mlRNAlater,充分混匀。
        病毒液送样建议:
        宏病毒组可接的样本类型主要为病毒样本;有传染性或者是未知传染性、对人体有害的病毒不接(参考病原微生物实录);另外病毒液需要送提取好的RNA。样本均液氮速冻,-80℃保存。

      2. 注意事项

      (1)宿主类、环境类样本建议至少10G数据量;粪便类5G数据量;
      (2)建议送新鲜样本;选取微生物含量较多的部分送样;
      (3)务必明确做宏转录组分析还是病毒组分析;
      (4)送样前备注样本类型、物种、部位、样本量、保存时间;
      (5)组织类样本切记不可反复冻融。反复冻融样本不建议送样;样本存放时间:-80℃不超过3个月;
      (6)发酵类请富集菌体后送菌体沉淀;
      (7)陈皮等类似样本无法做宏转录组。

      3 样本打包及寄送建议

      • 3.1 样本的打包

        (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
        (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
        (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
        (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
        (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
        (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
      • 3.2 样本的名称标识

        (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
        (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
        (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
        (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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